丹娜絲颱風這次在台南地區，不只造成居民住家的損壞，根據統計，轄區內有十座天主教堂也受損嚴重，其中受到遊客青睞，由普立茲克獎得主設計的菁寮教堂，整個圓尖形的地標整個被吹掀，另外鹽水區的舊營教堂，更是屋頂整個塌陷，教堂內幾乎成了廢墟。
菁寮天主堂的損壞狀況令人震驚，建築物殘破不堪，鐵皮嚴重變形，木製看板損壞倒地，最令人惋惜的是原本金光閃閃的圓尖形屋頂地標如今只剩下支架。菁寮天主堂神父畢度表示，他完全沒想到這種情況會發生，因為專業人員曾說這個特別的金字塔結構非常堅固，是德國人設計的。
這座位於台南菁寮社區的天主堂之所以特別引人注目，是因為它是普立茲克建築獎得主波姆在亞洲的第一件作品。原本三角形及圓尖型的建築在陽光照射下閃耀著金色光芒，成為遊客最喜愛的打卡地點，如今卻變得殘破不堪。畢度提到，之前修理的部分是內在的，原本預計在八月初就能完成，但現在又遭遇這樣的災情。
同樣遭受嚴重損害的還有鹽水區的舊營教堂，近百坪的屋頂整個被掀開，導致室內物品全部擠成一團，宛如廢墟。與以往鮮明的紅色傾斜屋頂相比，如今整個不見蹤影，就連屋頂周圍的水泥建築都有明顯變形，顯示出颱風的恐怖威力。
菁寮天主堂神父呂天恩表示，他認為要積極面對，雖然受損嚴重，但還是要盡量想辦法，一步一步處理這個狀況。據了解，台南教區共有十座教堂受到不同程度的損害，重建工作預計需要很長時間。目前工作人員已經打起精神，希望能夠向外界募款獲得支持，早日重建這些具有歷史與建築價值的宗教場所。